Analiza filogenetyczna
Sylabus zajęć
Okres
Semestr 1
|
Forma zajęć / liczba godzin / forma zaliczenia
|
Liczba punktów ECTS
3.0
|
Symbol EU dla zajęć/przedmiotu | Po zakończeniu zajęć i potwierdzeniu osiągnięcia EU student/ka: | Symbole EK dla kierunku studiów |
Efekt_01 | potrafi zastosować specjalistyczną terminologię używaną w rekonstrukcji filogenezy | |
Efekt_02 | umie przygotować matrycę danych do analizy filogenetycznej przy zastosowaniu różnych formatów dla danych morfologicznych, molekularnych i kombinowanych | |
Efekt_03 | potrafi zrekonstruować drzewo filogenetyczne przy pomocy różnych podejść metodologicznych, rozumiejąc zasady działania poszczególnych metod filogenetycznych i znając ich możliwości i ograniczenia | |
Efekt_04 | umie przeprowadzić i zinterpretować testy statystyczne stabilności drzewa filogenetycznego | |
Efekt_05 | potrafi analizować metodami kofilogenetycznymi i interpretować historię powstania interakcji pomiędzy obiektami biologicznymi | |
Efekt_06 | potrafi wykryć fałszywy sygnał filogenetyczny w analizowanych danych i oszacować jego wpływ na rezulaty | |
Efekt_07 | umie przeprowadzić datowaną analizę filogenetyczną posługując się danymi molekularnymi i kalibracją za pomocą danych fosylnych |
Lp. | Treści programowe dla zajęć/przedmiotu | Symbol EU dla zajęć/przedmiotu |
1. |
Specjalistyczne terminy stosowane w rekonstrukcji filogenezy, w tym: terminologia dotycząca cech (typy homologii i homoplazji, argumentacja cech, cechy informatywne i nieinformatywne, ważenie cech), drzewa filogenetyczne (terminologia, rodzaje drzew, sposoby graficznej prezentacji), taksony naturalne i sztuczne. |
Efekt_01 |
2. |
Przygotowanie matrycy danych: rodzaje cech, matryce danych, formaty matryc danych, w tym NEXUS. |
Efekt_01, Efekt_02 |
3. |
Konstruowanie drzew filogenetycznych: koncepcja zegara molekularnego w filogenetyce, UPGMA, Neighbor-Joining, Maksymalna Parsymonia, Maximum Likelihood, Wnioskowanie Bayesowskie, procedury przyśpieszające obliczenia (heurystyczna, branch-and-bound), drzewa konsensusowe. |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03 |
4. |
Analiza statystyczna zrekonstruowanego drzewa: podstawowe parametry statystyczne drzew, metody próbkowania (jacknife i bootstrap), indeks Bremera. |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03, Efekt_04 |
5. |
Analiza kofilogenetyczna: podstawowe zjawiska kofilogenetyczne, procedura BPA (Brooks Parsimony Analysis) i drzewa uzgodnione (TreeMap, Jungle), statystyczna analiza rezultatów. |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03, Efekt_04, Efekt_05 |
6. |
Źródła szumu filogenetycznego, metody jego wykrywania i unikania (Densitree, SplitTree) |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03, Efekt_04, Efekt_06 |
7. |
Rekonstrukcja chronogramu za pomocą metod wygładzania i metod bayesowskich, kalibrowanie drzewa zultrametryzowanego punktami kalibracyjnymi (fosylia) |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03, Efekt_04, Efekt_07 |
Metody i formy prowadzenia zajęć | |
---|---|
Wykład z prezentacją multimedialną wybranych zagadnień | |
Wykład problemowy | |
Rozwiązywanie zadań (np.: obliczeniowych, artystycznych, praktycznych) | |
Metoda ćwiczeniowa | |
Metoda warsztatowa |
Sposoby oceniania | Symbole EK dla modułu zajęć/przedmiotu | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EK_1 | EK_2 | EK_3 | EK_4 | EK_5 | EK_6 | EK_7 | ||
Egzamin pisemny | x | x | x | x | x | x | x | |
Egzamin ustny | x | x | x | x | x | x | x | |
Kolokwium pisemne | x | x | x | x | x | x | x | |
Test | x | x | x | x | x | x | x |
Kryteria oceniania wg skali stosowanej w UAM | |
---|---|
bardzo dobry (bdb; 5,0): | znakomita wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne |
dobry plus (+db; 4,5): | bardzo dobra wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne |
dobry (db; 4,0): | dobra wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne |
dostateczny plus (+dst; 3,5): | zadawalająca wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne, ale ze znacznymi niedociągnięciami |
dostateczny (dst; 3,0): | zadawalająca wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne z licznymi błędami |
niedostateczny (ndst; 2,0): | niezadowalająca wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne |
Wydawnictwa książkowe
Forma aktywności | Średnia liczba godzin* na zrealizowanie aktywności | |
---|---|---|
Godziny zajęć (wg planu studiów) z nauczycielem | 60 | |
Praca własna studenta: | ||
Przygotowanie do zajęć | 25 | |
Czytanie wskazanej literatury | 15 | |
Przygotowanie pracy pisemnej, raportu, prezentacji, demonstracji, itp. | ||
Przygotowanie projektu | ||
Przygotowanie pracy semestralnej | ||
Przygotowanie do egzaminu / zaliczenia | 30 | |
SUMA GODZIN | 130 | |
LICZBA PUNKTÓW ECTS DLA MODUŁU ZAJĘĆ/PRZEDMIOTU | 5 |
* godzina (lekcyjna) oznacza 45 minut